La Terra Santa era stata, dal Quattrocento all’anno Mille, la meta preferita ed ambita da tutti i pellegrini. I luoghi della vicenda umana di Cristo esercitavano un fascino pari al valore delle indulgenze e la maggior parte dei pellegrini si mettevano in viaggio entusiasti, senza minimamente conoscere i rischi reali cui andavano incontro. Ospizi ed ospedali, che sorgevano lungo le grandi vie di pellegrinaggio, erano istituzioni dedicate prevalentemente ai poveri. I pellegrini nobili e benestanti alloggiavano in case private appartenenti ad amici del loro stesso ceto e lignaggio o si facevano addirittura costruire un ricovero a proprie spese. La maggior parte degli ospizi era posta sotto la protezione della Madonna. Accanto sorgeva sovente anche un piccolo cimitero per accogliere con cristiana sepoltura quei pellegrini e crociati che talvolta vi morivano. In Puglia, regione che si trovava ad essere, per la sua posizione geografica, transito obbligato sia per i pellegrini che dall’ Oriente si recavano a venerare San Michele e San Nicola, sia per i pellegrini crociati che da Bari, Brindisi, Taranto si imbarcavano per la Terra Santa, queste stationes erano frequenti, collocate lungo l’itinerario costiero e nelle vallate del Gargano. Il periodo storico in cui sorgono due xenodoxia nella zona di ponente dove fu la prima Melphi, vede la Puglia soggetta ai Normanni, che dopo Civitate (1053), battono Argiro inviato da Bisanzio. La scomparsa di Leone IX nell’aprile 1054 e del suo alleato Costantino IX imperatore d’Oriente, e la rottura tra Chiesa romana e Chiesa bizantina (Scisma d’Oriente), portano al mutamento della politica pontificia verso Bisanzio e verso i Normanni, e a gran parte della fortuna politica di questi ultimi: nel 1071 Roberto il Guiscardo, il vincitore di Civitate, conquista Bari, dopo aver superato la resistenza delle popolazioni e dei ceti medi. I Normanni assimilano costumi e consuetudini che Bisanzio ha lasciato in Puglia nel suo secolare dominio: Roberto fa imprimere le insegne imperiali bizantine sul suo sigillo; si veste come se fosse un imperatore orientale e vuole che sua figlia Elena sposi Costantino, figlio dell’imperatore d’Oriente. Egli è affascinato dalla cultura bizantina. Le croci bizantine a braccia espanse, scolpite sui pilastri della grande Porta di Ponente e sui pilastri di levante, rinvenute a S. Maria, dimostrano valida la tesi secondo cui i nuovi dominatori accolsero con rispetto elementi di civiltà orientale. Quando nel 1085 Roberto muore, il figlio Ruggero, con l’aiuto della madre, riconosciuto duca di Puglia, è appoggiato dallo zio Ruggero I contro Boemo. In occasione della traslazione delle reliquie di San Nicola da Mira a Bari, Ruggero fa ampie donazioni all’abate Elia, onde permettere che le reliquie del Santo siano custodite nella cripta dell’erigenda Basilica.  Nel 1095 Ruggero, secondogenito di Roberto il Guiscardo fa erigere a Molfetta due Ospedali, dei quali ne rimane uno solo. 

Lo studio a riguardo è il risultato di una continua, varia e complessa sedimentazione storica che solo in parte documenti e fonti riescono a puntualizzare nella concatenazione cronologica delle loro diverse fasi costruttive. Da un punto di vista tecnico, basandoci su quel poco che tuttora sussiste, si può affermare che il materiale più antico, in vario modo inglobato nelle strutture successive, è sicuramente di età precedente alla romanica, ed appartiene ad uno dei due ospedali ancora visibile a 30 passi a sud dall’Ospedale dei crociati. Allo stato attuale delle nostre conoscenze non si può concludere molto sulle reali dimensioni, struttura o forma dell’ospedale a sud. È lecito supporre che il re Ruggero abbia modificato dimensioni, forme e strutture di un organismo precedente, condizionandolo al suo scopo. Nel 1670 Carlo Loffredo è eletto Vescovo di Molfetta e interviene nella ristrutturazione dei due ospedali. L’ospedale a sud e il piano superiore dell’Ospedale dei Crociati vengono ristrutturati per dimora estiva dei Vescovi. Esternamente l’aspetto è quello di un parallelepipedo. Oggi vi sono due entrate, una ad est e l’altra a nord. Nel 1715 si accedeva da una porta a sud presso la V arcata. La struttura, perfettamente conservata, lunga m.16 e larga m.11 è formata da due file di pilastri su cui poggiano gli archi che reggono la volta. Dunque tre corridoi che hanno la volta della stessa altezza intervallata da altri archi. Lungo le pareti si aprono delle piccole nicchie di varia forma che, molto probabilmente, servivano per deporre le suppellettili dei pellegrini; sulle pareti di alcune colonne sono presenti delle sporgenze in pietra che forse servivano per collocare le fiaccole che illuminavano l’ambiente. Altra presenza significativa sono le croci bizantine e le firme dei lapidici poste sia sui pilastri della porta di levante che su quelli della porta di ponente dell’ospedaletto.

Per gli intellettuali del 400 e del 500 l’ospedale di Santa Maria dei Martiri era vescovile, testimoniato dalla presenza di numerosi stemmi papali presenti sul posto. Si sapeva che le strutture ricettive, affidate ai preti di servizio alla chiesa, erano per i pellegrini, i forestieri, i devoti. È stato il Vescovo di Molfetta Giovanni Antonio Bovio (1607-1622), che trasse arbitrarie illazioni dalla pergamena di fondazione e il patrizio Giuseppe de Luca che “inventarono” la leggenda dei crociati. Ma studiando attentamente la pergamena di fondazione della Chiesa, avvenuta nel marzo del 1162, si legge esplicitamente di una Chiesa dedicata alla Vergine e ai Santi Martiri “da costruire su un terreno di proprietà vescovile fuori della città nel sito della Carnaria, dove riposano i corpi dei pellegrini martiri di Cristo”. Tuttavia l’Ospedale dei “Crociati” resta un prezioso gioiello di architettura ecclesiastica medievale, uno xenodochio vescovile sulla via orientale dei grandi pellegrinaggi.